Nosilac odobrenja za korišćenje radio-frekvencija dužan je da Agenciji plaća godišnju naknadu za korišćenje radio-frekvencija, koja se koristi isključivo za pokrivanje troškova upravljanja i nadzora korišćenja radio-frekvencijskog spektra.
Visina godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija, iskazana u bodovima, utvrđuje se na osnovu Pravilnika o metodologiji i načinu obračuna visine godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija. Shodno iznosu ukupnih godišnjih troškova za upravljanje i nadzor korišćenja radio-frekvencijskog spektra, utvrđenog finansijskim planom Agencije za konkretnu godinu, Agencija odlukom utvrđuje novčanu vrijednost boda, na osnovu koje se utvrđuje novčani iznos godišnje naknade koju za tu godinu plaćaju korisnici radio-frekvencija po osnovu odobrenja koja posjeduju.
Nosilac odobrenja za korišćenje radio-frekvencija dužan je da u budžet Crne Gore plaća i godišnju naknadu za pokrivanje troškova administriranja radio-frekvencijskog spektra u visini od 10% godišnje naknade za korišćenje radio frekvencija.
Godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija i administriranje radio-frekvencijskog spektra se obračunavaju od dana izdavanja odobrenja za korišćenje radio-frekvencija za godinu u kojoj je odobrenje izdato, odnosno do isteka perioda važenja odobrenja. Novčani iznos ovih naknada određuje Agencija posebnim rješenjem za svaku kalendarsku godinu. Nosilac odobrenja za korišćenje radio-frekvencija dužan je da plati cjelokupan iznos naknada u roku od 15 dana od dana dostavljanja rješenja.
Od obaveze plaćanja naknada za korišćenje i administriranje radio-frekvencijskog spektra, shodno Zakonu o elektronskim komunikacijama, izuzeti su:
- nadležni organi, za radio-frekvencije koje se koriste za potrebe unutrašnjih poslova, nacionalne bezbjednosti i odbrane;
- hitne službe, za radio-frekvencije koje se koriste za potrebe postupanja u hitnim situacijama, kao i zaštite od prirodnih i drugih elementarnih nepogoda;
- emiteri radijskih i/ili televizijskih programa, odnosno operator predajničke multipleks mreže za digitalnu radio-difuziju, za radio-frekvencije koje su planom namjene radio-frekvencijskog spektra namijenjene za radio-difuznu službu;
- emiteri radijskih i/ili televizijskih programa ili drugi subjekti koji za potrebe emitera vrše dopremanje radijskog i/ili televizijskog signala do zemaljskih radio-difuznih predajnika, za radio-frekvencije koje se koriste u tu svrhu i to za stvarno potreban radiofrekvencijski resurs;
- radioamateri, za radio-frekvencije namijenjene radioamaterskim komunikacijama;
- korisnici radio-frekvencija na plovilima ili vazduhoplovima, za radio-frekvencije koje se koriste u slučaju opasnosti i za potrebe bezbjednosti pomorskog, odnosno vazdužnog saobraćaja;
- korisnici koji su oslobođeni plaćanja međunarodnim ugovorom.